Tal y como se establece en los Estatutos, la Asociación se rige y administra por:
a) Asamblea General.- es el órgano soberano y supremo de expresión de la voluntad de la Asociación, estando integrada por todos los socios que tengan derecho de voz, y ajustando su derecho de voto a la representatividad que ostenten. Podrán asistir, con derecho a voz pero sin derecho a voto el Gerente, los técnicos y demás personas que por su relación con las actividades de la Asociación, resulte conveniente oír.
La Asamblea podrá ser Ordinaria, que se reunirá una vez al año o Extraordinaria que se reunirá cuando la convoque el Presidente a instancia propia, por acuerdo de la Junta Directiva o a solicitud de un tercio del total de los votos de todos los socios de la Asociación, mediante escrito dirigido al Presidente, firmado por los peticionarios, exponiendo el motivo de la petición de la convocatoria y el Orden del Día propuesto.
b) Junta Directiva.- estará integrada por un máximo de diecisiete miembros, elegidos por la Asamblea General de entre sus socios por sufragio libre, directo y secreto en la siguiente proporción:
- De las Administraciones Públicas: 6 miembros.
- 2 corresponderán a la Mancomunidad de Municipios del Alto Guadalquivir.
- 3 corresponderán a la Mancomunidad de Municipios de la Vega del Guadalquivir.
- 1 corresponderá a la Diputación de Córdoba.
- Sector Agrario: 3 miembros, de los cuales al menos dos corresponderá a una Organización Profesional Agraria.
- Sector Industrial y de Servicios: 2 miembros, de los cuales al menos uno corresponderá a una Organización Empresarial supramunicipal de carácter plurisectorial.
- Organizaciones Sindicales: 2 miembros.
- Entidades Financieras: 1 miembro.
- Empresas y particulares: 1 miembro.
- Asociaciones de Género y Juventud: 1 miembro.
- Sector turístico de la comarca: 1 miembro que corresponderá a una entidad asociativa del sector.
En la actualidad la Junta Directiva está compuesta por las siguientes entidades y/o personas:
- Presidente: D. Emilio Martínez Pedrera, (Ayuntamiento de Posadas)
- Vicepresidente Primero: D. Manuel Jesús Adame Moro, (Asociación de Empresarios de Fuente Palmera).
- Vicepresidente Segundo: Dña. Desiré Benavides Baena, (Ayuntamiento de El Carpio).
- Vocales:
- D. Francisco Ángel Sánchez Gaitán (Diputación Provincial de Córdoba).
- D. Francisco Javier Ruiz Moro (Ayuntamiento de Fuente Palmera).
- Dña. Esperanza Caro de la Barrera Martín (Ayuntamiento de Palma del Río).
- Dña. Elena Alba Castro (Ayuntamiento de Bujalance).
- D. Antonio Álvarez Natera (ASAJA-Córdoba).
- D. Miguel Cobos García (UPA-Córdoba).
- D. Cristobal Bascón Arjona (Cooperativas Agroalimentarias Andalucía).
- D. Francisco Mulero Molino (Asociación para el fomento del Turismo del Valle del Guadalquivir).
- D. Antonio Díaz Córdoba (CECO-Córdoba).
- Para ser miembro de la Junta Directiva, deberá ostentarse la condición de asociado o representante de entidad asociada. El Presidente de la Asociación, Vicepresidente y Secretario, lo serán también de la Asamblea General.
c) La Gerencia: tendrá a su cargo la administración y gestión ordinaria de las actividades de la Asociación.